Beberapa kali dalam setahun, kualitas air sumur di desa-desa yang paling dekat dengan kegiatan industri diperiksa oleh laboratorium independen tersumpah. Petugas laboratorium dari Bogor datang ke Weda Bay untuk mengambil sampel air yang langsung dianalisis di hadapan perwakilan desa. Hasil analisis disampaikan kepada pihak berwenang terkait untuk mendapatkan verifikasi bahwa seluruh proses pengambilan sampel dan analisis dilakukan sesuai kerangka peraturan dan otorisasi lingkungan hidup. Dengan demikian, kualitas air memenuhi standar baku mutu yang berlaku.
PT Weda Bay Nickel berkomitmen untuk menjaga kualitas air yang mengalir melewati daerah operasi sebelum air tersebut mencapai sungai dan desa. Oleh karena itu, sampel air juga diambil di muara cekungan sedimentasi tambang dan hasil analisis diserahkan ke Pemerintah Provinsi Maluku Utara.